Sykehusavfallet leveres i egne spesialcontainere som kjøres med truck og tippes direkte inn i ovnslinje 1. Det betyr at risikoavfallet ikke legges i bunkeren sammen med det øvrige avfallet som skal til forbrenning.
Det er strenge krav til rengjøring av smittefarlige beholdere etter at de har blitt tømt. Disse vaskes og steriliseres i et lukket vaskeanlegg før de fraktes for utplassering på sykehusene igjen.

Risikoavfall som narkotika, konfidensielle dokumenter, legemidler eller andre beslaglagte produkter fra Tollvesenet som potensielt kan havne i gale hender, destrueres under oppsyn. Ved denne type direkteforbrenning er Politiet eller Tollvesenet med inn på anlegget, og observerer at anleggets ansatte tømmer avfallet direkte i sjakten som går ned til forbrenningsovnen.

Det er kun ovnslinje 1 som har direkte adkomst fra utsiden, og som derfor benyttes til destruksjonstjenesten. Ved revisjoner eller uforutsett driftsstans av ovnslinje 1, har selskapet dispensasjon til å legge risikoavfall i et hjørne i bunkeren for en kort periode. Ved lengre driftsstans vil direkteforbrenningstjenesten bli kjøpt i det skandinaviske markedet. Alt avfallet blir destruert i henhold til strenge sikkerhetsrutiner og miljøforskrifter.

På Klemetsrud har vi også et fryselager for biologisk og patologisk avfall (kroppsdeler og organer) som skal destrueres. Det patologiske avfallet stables i UN-godkjente kasser, og blandes ikke med det andre sykehusavfallet.
Anleggets ovner er ikke konstruert for destruksjon av biologisk materiale, da det krever en høyere temperatur enn det våre ovner holder, og en annen type etterbehandling. Selskapet kjøper derfor denne forbrenningstjenesten i Danmark. Anlegget har kapasitet til å mellomlagre over 4 000 tonn med biologisk og patologisk avfall.